PSI军团和克拉克总统的政府发现了埋藏在地球太阳系中的暗影飞船，并开始利用这些飞船的先进技术。克拉克政府变得越来越排外和专制，并利用一起军事事件作为借口宣布戒严。这引发了火星的独立战争，火星长期以来与地球关系紧张。巴比伦5号以及地球联盟其他几个外围殖民地也宣布独立。作为回应，地球联盟试图武力夺回巴比伦5号，但在明巴里人的帮助下（他们已与空间站结盟对抗日益增长的暗影威胁），这次进攻被击退。森塔瑞大使朗多·莫拉里对暗影族在自己族人中日益增长的影响力感到担忧，试图与他们断绝关系。暗影族的人类代表莫登先生设计谋杀了莫拉里的情妇，并将责任推给一个敌对森塔瑞家族，从而诱使他恢复了合作关系。暗影族与巴比伦5号及明巴里人领导的联盟之间爆发了公开战争。人们发现沃伦族的基因改造是人类灵能的来源，后来还发现暗影飞船容易受到灵能攻击。由于不满沃伦族对暗影族缺乏直接行动，约翰·谢里丹舰长迫使沃伦族大使科什·纳拉尼克对共同敌人发动攻击。科什的行动导致他随后被暗影族暗杀。前空间站指挥官杰弗里·辛克莱回到巴比伦5号，寻求谢里丹舰长、德伦、伊万诺娃和马库斯的帮助，窃取巴比伦4号空间站并将其送回1000年前，作为上一次明巴里-暗影战争中对抗暗影族的作战基地。辛克莱经历了与第一季末尾德伦相同的转变，变成了明巴里人，随后揭示他实际上是明巴里传说中的瓦伦本人，而不是转世。在假定已死亡的妻子（现在为暗影族工作）重新出现的刺激下，谢里丹前往暗影族母星扎哈德姆，试图招募他。然而，他却以自杀式核攻击摧毁了他们的最大城市，最后被看到跳入数英里深的深坑以逃离爆炸。加里波第在与暗影飞船的战斗中失踪。