一道神秘的光芒从外太空出现，并向地球推进。 光球飞行物经过时，各星球前线基地的通讯相继中断，光球飞行物迅速接近地球。 地球舰队在后来赶来的大型舰队的偷袭下无奈被歼灭，地球迅速被攻陷。暗星帝国要求显示大和号的位置，并威胁说超级导弹是重型核子炸弹，能够摧毁地球的介子质量，一次性杀死所有人类的脑细胞。古人和大和号的其他船员在英雄山集合，奉地球防卫军总干事的密令，由森之带队前往伊卡洛斯小行星。 然而，森之在途中受伤，被独自留在了地球上。 在拼命逃离地球后，一行人来到伊卡洛斯，发现大和号就藏在那里。大和号的船员们发现重核弹的爆炸控制点是敌方的母星，为了阻止爆炸，他们踏上了 40 万光年的航程。