故事发生在不远的未来，海平面因为不明原因急速上升，大多数地表都沉入了海中。小时候因为事故而失去一条腿的少年斑鸠夏生，厌倦了都市的生活，移居到了海边的乡村小镇。曾经身为海洋地质学家的祖母留给他的，就只有船、潜水艇和一堆债务。
　　夏生为了找回“失去的未来”，夏生潜入了祖母遗产所在的海底仓库。在那里，他发现了一个棺材般的装置，里面沉睡着一个神秘的少女——亚托莉。她是一个极其精巧且情感丰富的机器人。被从海底打捞上来的亚托莉说：“我想完成主人留下的最后命令。在此之前，我会成为夏生先生的双腿！” 在逐渐沉入海中的宁静小镇里，少年与机器人少女之间，无法忘怀的夏天由此展开。
　　改编自由Front Wing × 枕发行的同名游戏《ATRI -My Dear Moments-》，近日宣布了将对此进行动画改编。