康熙十九年，清朝平定“三藩”叛乱的战争历时七年，已经取得决定 性的胜利，康熙皇帝在养心殿大宴百官，气氛热烈，施琅起身向皇帝起奏，国家尚未统一，庆祝为时尚早，建议平叛军队全线东移，大兵压阵，解决台湾问题。施琅的奏疏遭到反对。
　　康熙二十年，侍卫冯锡范和唐妃互相勾结，在台湾北园别馆制造骨肉相残的同时，挟持年幼的延平王郑克塽，控制台湾大权，他们持海自固，多次拒绝清廷招抚和谈，阴谋“自立乾坤”。董太妃以年迈之躯，支撑着台湾风雨飘摇的局面，凛然宣布：“自立乾坤，分裂国土，我至死不为！若有再提自立乾坤者，杀无赦！”
　　从台湾进入京城的朱霖、阿鳗串小巷潜行到施琅家府，匆匆交给施世伦一封信，便消失在夜幕中。当晚两人均被九门提督捕获。次日，京城午门木榜告示：经刑部审议明日斩首台湾奸细朱霖、阿鳗。施琅闻讯十分震惊，决定以一位内大臣身份闯刑场。“台湾奸细案”和“施琅闯入刑场案”果然惊动朝廷，康熙皇帝发出谕旨：在刑部审讯施琅，宣谕贝勒奈溚、康亲王杰书为审理官。九月五日施琅被押进刑部大堂，他大声呼喊：暗通关节者，朝廷确有其人，但不是施琅，而是贝勒奈溚，并从怀中取出书信高声喊道，这封书信就是两年前贝勒奈溚写给台湾冯锡范的，在信里，贝勒奈溚允许台湾自立乾坤，康熙皇帝的突然到来，令刑部大厅堂的人全都惊呆。康熙皇帝怒斥：谁敢分裂江山社稷，应和台湾自立乾坤者，此剑为例。施琅与奈溚从此结下私仇。
　　内太臣施琅因剿寓抚，以战逼和的对台方略，得到朝廷重臣李光地等人的支持，康熙皇帝十分赏识，起用施琅为福建水师提督。施琅提请侍卫吴奇爵同行并申述其理由，康熙皇帝允诺。施琅抵达福建上任，引起台湾冯锡范自立乾坤的主要追随者洪旭等人的不安和惊恐，密议应对之策，几天后刘国轩出征前往澎湖，准备以战争决胜负。
　　康熙二十一年三月施琅在制定进取澎台的作战方案时，与福建总督姚启圣产生了全面的分歧。八月康熙皇帝在“御门听政”早朝中，把“进军澎台”的专征权交给了施琅。出征前夕，施琅将全家十几口少不更事的孩子，派送各条战船，以示征战的决心。
　　康熙二十二年六月，施琅指挥战船三百多艘，将领士卒三万多人从铜山港出发，乘南风之势，进军澎湖。澎湖决战，经过五个时辰的激烈战斗，以清军的胜利而结束。澎湖失守，水军覆没，台湾失去屏障， 延平王召集百官商议台湾的去向，百官批驳了“血战到底”和洪旭的“弃岛计划”，同意了刘国轩提出议和则保全，再战必覆灭的观点，年幼的延平王郑克塽在关键时刻果断决定，由刘国轩负责与清廷议和。 八月十三日，施琅率精兵登陆鹿耳门，直抵龙亭。八月十五日，台湾归清的隆重典礼在孔庙门前广场举行，施琅宣谕了康熙皇帝对台湾归顺清朝的圣诏。八月二十二日施琅拜谒郑成功祠，焚香顶礼含泪祭告，神情怆然。
　　康熙二十二年十一月，鉴于台湾权力移交已经完成，施琅和他的船队顺利回到厦门。郑克塽被清廷授予爵位，其亲属也被授予三品、四品官职，刘国轩则被授予天津总兵。
　　康熙二十三年四月，皇帝下诏，台湾设一府三县，下令屯兵镇守台湾。施琅继续留任福建水师提督。康熙三十五年二月，施琅病逝，享年七十六岁。