2262年，地球军上校伊丽莎白·洛奇利被任命为巴比伦5号空间站指挥官。随着空间站逐渐成为逃离PSI军团的叛逃灵能者避难所，由此引发了一系列冲突。前纳恩驻巴比伦5号大使盖卡因在纳恩-森塔瑞战争期间狱中所著书籍出版，不情愿地成为了精神偶像。暗影族的前盟友德拉克人通过名为"守护者"的寄生生物控制了森塔瑞母星的摄政王维里尼，随后挑起了森塔瑞与星际联盟间的战争，意图孤立森塔瑞并为自己获取一个易于操控的母星。 森塔瑞母星在纳恩和德拉兹战舰的袭击下遭受重创，朗多·莫拉里在星球面临全面核毁灭威胁下接受德拉克"守护者"并加冕为皇帝。（其统治末期的片段通过剧中多处预言性幻象展现：十六年后的莫拉里与曾经的死敌兼后来的挚友盖卡相互掐住对方咽喉同归于尽，表面看似宿怨所致。但逐渐揭示这背后存在更友善的隐情——莫拉里已成为德拉克统治的奴隶且厌倦生命，其体内德拉克守护者苏醒并反杀盖卡。）莫拉里忠诚且更具道德感的助手维尔·科托继任皇位，摆脱了德拉克控制。谢里丹与德伦完婚后迁居明巴里，星际联盟总部也随之迁移。盖卡为逃避不想要的名声离开巴比伦5号前往边缘星域探索。加里波第同样结婚并定居火星。其他主要角色大多也离开了B5。 十九年后，垂死的谢里丹在巴比伦5号退役前夕进行了最后一次造访。谢里丹看似离世，实则被第一族群接引，邀请他共同前往银河系边缘之外。谢里丹离开后不久，已完成历史使命的巴比伦5号在爆破中销毁。剧终集特别安排主创斯特拉金斯基客串关闭空间站照明系统的技术员，随后空间站被拆除。