这出戏出自中国历史上最混乱最无奈的时代。
　　黑旗军首领刘永福与故乡昔日红颜方蓉芝见面,追忆往事,感慨万千,更吧息因自已而给方蓉芝一家带来的巨大灾难。
　　晚清年间，广西河水泛滥，洋人横行,官府腐败无能,民不聊生.官逼民反,刘永福和患难兄弟邓阿富踊跃参加了广西天地会,并和天地会花木堂分会堂主莫青衣母子、王堂主等一道发动街头武装暴动，不幸暴动失败，刘永福被俘，身陷囹圄。后在广西总兵桂子瑞的间接帮助下，巾帼英雄莫青衣和邓阿富将刘永福从刑场救出。
　　官府对天地会倾力剿杀，严密通辑，刘永福等天地会主要成员被迫移师德州境地，继续严惩恶霸，博施济众，深得民心，在乡民们拥护下，刘永福拥有了自已的军队——黑旗军。
　　训练有素的黑旗军帮助吴舵主率领的天地会成员攻打归顺城成功，但不久在桂子瑞统率的大批清兵围剿下，归顺城陷落。刘永福率部突出重围，来到了中越边境地、偏僻山区的安南。从此，黑旗军安营扎寨，自立更生，除恶务尽，抚恤百姓。同时刘永福尽力处理好与方蓉芝、莫青衣之间的感情纠葛。
　　这期间，刘永福还率军英勇抗击以人堵布益，司令官安业为首的法国侵略军对越南边境的入侵，并且捷报频传，声威大震，刘永福亦被越南皇帝赐为千户大将。
　　法军大败逃回大本营的安业发誓报仇雪耻，他领兵数万，直驱中国西南腹地。清重臣李鸿章闻报大惊，召集部下商议对策，经桂子瑞竭力主张，李鸿章决定由桂子瑞领朝廷命亲往安南招安，授与刘永福为黑旗大将军，封邓阿富为右翼大将军，同仇敌气，共同抗法。
　　这时法军又打到中越边界，烧杀掠夺，无恶不为。桂子瑞与刘永福商议分兵两路夹攻法军，誓保国疆。经过欲血奋战，终于击败法军，安业毙命，黑旗军大旗高高飘扬在祖国边疆安南。
　　本剧写乱世的壮烈英雄，写末代的悲剧英雄，写英雄惺惺相惜的义，也写英雄憾人心魄的儿女之情，故事性强，深刻动人。